|
|
Vliv patogenních agens na vaginální mikrobiom
Procházková, Jana ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Smutná, Tamara (oponent)
Lidské tělo je hojně osídleno nejrůznějšími mikroorganismy. Tyto mikroorganismy tvoří ucelená společenství, které v kontaktu s konkrétními lidskými orgány vytváří tzv. mikrobiomy. Každý mikrobiom je unikátní ve svém složení. Studium mikrobiomů napomáhá nejen odhalit jejich složení, ale i pochopit komplexní interakce, které vznikají mezi mikroorganismy a člověkem. Metody analýzy mikrobiomů se stále zlepšují. Ke studiu mikrobiomů se v současnosti nejvíce používá sekvenování nové generace, které například napomáhá identifikovat jednotlivé zástupce, kteří se v mikrobiomech vyskytují. Je již známo, že bakterie rodu Lactobacillus u většiny žen tvoří dominantní složku zdravého vaginálního mikrobiomu. Zdravý vaginální mikrobiom má nezastupitelný význam v udržování homeostáze a správného fungování urogenitálního traktu žen. Hraje také důležitou roli v jeho ochraně před patogenními agens. Mezi tyto patogenní agens patří viry, bakterie, archea a eukaryota. V rámci této bakalářské práce je vybráno několik zástupců z domén Bacteria a Eukaryota, kteří primárně napadají urogenitální trakt žen. Dle statistických odhadů vyplývá, že Trichomonas vaginalis je celosvětově nejrozšířenějším patogenním agens urogenitálního traktu žen, a proto je studium obranyschopnosti vaginálního mikrobiomu vůči tomuto parazitovi velmi důležité....
|
|
|
Double expression systems with respect to parasitic protozoa
Gromyko, Anastasiia ; Verner, Zdeněk (vedoucí práce) ; Kraeva, Natalia (oponent)
Infekce parazitickými prvoky nadále představují významní zdravotní riziko v rozvojových zemích a vedou ke stovkám tisíc úmrtí každý rok. Tito parazité vykazují složitý vícehostitelský životní cyklus a mají jedinečné buněčné struktury. Mnohé z jejich biologických procesů však zůstávají nedostatečně prozkoumány. Multigenová exprese je slibným přístupem k řešení této mezery ve znalostech, protože umožňuje expresi funkčních proteinových komplexů in vivo, přidání fluorescenčních proteinových značek pro vizualizaci lokalizace proteinu v buňce a studiu interakcí protein-protein. Tato bakalářská práce shrnuje současné poznatky o dostupných systémech a přístupech ke studiu klíčových modelových parazitických druhů prvoků. Klíčová slova: expresní systémy, Trypanosoma brucei, Leishmania tarentolae, Entamoeba histolytica, Giardia intestinalis, Trichomonas vaginalis, Toxoplasma gondii, Plasmodium falciparum, pET-Duet, CRISPR-Cas9
|
|
|
Effect of endosymbionts on composition and properties of Trichomonas vaginalis exosomes
Zdrha, Alois ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
Trichomonas vaginalis je parazit lidského reprodukčního systému a je původcem nejrozšířenější nevirové sexuálně přenosné nemoci trichomoniázy. Tato nemoc má většinou mírný průběh, ačkoli dokáže způsobit i závažné zdravotní komplikace. Průběh onemocnění je závislý na imunitním systému pacienta, mikrobiomu a virulenci parazita. Je však důležité, že virulence T. vaginalis je značně variabilní a je závislá na sekretovaných a povrchových molekulách. Mezi ně patří proteázy a adheziny, které mohou být sekretované v sekretomu nebo v extracelulární váčcích (EV). Dalšími potenciálními faktory virulence jsou: Trichomonas vaginalis virus (TVV) a Mycoplasma hominis. Ačkoliv se vlivem TVV na virulenci T. vaginalis zabývalo mnoho studií, vědci se dosud neshodli. Tato práce analyzuje vliv TVV na složení proteinů a RNA v exosomech a dopad TVV na sekreci cytokinů. Klíčová slova endosymbionti, dsRNA virus, TVV, exosomy, paraziti, Trichomonas vaginalis, bioinfor- matika
|
|
|
Role extracelulárních váčků v přenosu dsRNA virů u parazitického prvoka Trichomonas vaginalis.
Horáčková, Jana ; Rada, Petr (vedoucí práce) ; Voleman, Luboš (oponent)
Trichomonas vaginalis je parazitický prvok, který se nachází v lidském urogenitálním traktu, kde adheruje k buňkám epitelu. Při infekci uvolňují buňky T. vaginalis extracelulární váčky, díky kterým mohou parazité komunikovat mezi sebou a modulovat imunitní odpověď hostitele. Většina studovaných kmenů T. vaginalis obsahuje dsRNA Trichomonasviry (TVV). Tento virus patří do rodiny Totiviridae, do které patří i další dsRNA viry parazitických protist. TVV se přenáší vertikálně do dceřiných buněk při buněčném dělení a zatím nebyl prokázán horizontální přenos TVV mezi buňkami T. vaginalis. Částice TVV byly objeveny uvnitř malých extracelulárních váčků, které uvolňují infikované buňky T. vaginalis do extracelulárního prostředí. V této diplomové práci bylo prokázáno, že při kokultivaci infikovaných a neinfikovaných trichomonád dochází k přenosu TVV mezi trichomonádami. Touto cestou se však nepodařilo stabilně infikovat trichomonády TVV. Bylo také prokázáno, že extracelulární váčky z infikovaných trichomonád jsou schopné transportovat TVV mezi trichomonádami. Nicméně ani touto cestou se nepodařilo trichomonády stabilně infikovat TVV.
|
|
|
Proteomická analýza organel parazitických protist
Jedelský, Petr ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Kolářová, Libuše (oponent) ; Půta, František (oponent)
Rozvoj technologií pro sekvencování DNA přinesl technologický zlom, díky němuž bylo možné provést analýzu kompletních genomů, včetně parazitických protist Trichomonas vaginalis a Giardia intestinalis , které jsou tradičně studovány nejen z důvodu jejich klinického významu, ale rovněž z evolučního úhlu pohledu pro jejich adaptaci na anaerobní způsob metabolismu. Samotné dokončení sekvencování genomu a anotace predikovaných proteinových sekvencí nepřineslo detailní vhled do fungování organel odvozených od mitochondrie, jimiž jsou v případě G. intestinalis mitosomy, které se nepodílejí na energetickém metabolismu, a v případě T. vaginalis hydrogenosomy, které produkují molekulární vodík a produkují ATP substrátovou fosforylací. Tradiční metody výzkumu těchto organel založené na frakcionaci pomocí ultracentrifugace v hustotním gradientu a následné biochemické a enzymologické analýzy byly doplněny o metody jedno a dvoudimenzionální elektroforézy s následnou identifikací proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie. V této práci byly použity metody...
|
|
|
Homology pyruvát:feredoxin oxidoreduktázy z hydrogenosomů Trichomonas vaginalis
Zedníková, Věra ; Hrdý, Ivan (vedoucí práce) ; Doležal, Pavel (oponent)
Oxidativní dekarboxylace pyruvátu je důležitá reakce v metabolismu organismů vedoucí ke konzervaci energie. Enzym katalyzující tuto reakci u některých anaerobních či mikroaerofilních eukaryotních a prokaryotních organismů se nazývá pyruvát:feredoxin oxidoreduktáza (PFO). PFO obsahuje železo-sirné skupiny a váže tiamin pyrofosfát (TPP). V reakci katalyzované pomocí PFO, která může být i reverzibilní, vznikají z pyruvátu a CoA produkty acetyl-CoA, CO2 a uvolňují se dva elektrony. Tyto elektrony předává PFO nízkomolekulárním proteinovým přenašečům. Ve většině případů jsou tyto přenašeče feredoxiny, popřípadě flavodoxiny jako je tomu u bakterií fixujících dusík. Jeden z organismů vlastnící PFO jsou trichomonády, většinou parazitičtí či endosymbiotičtí anaerobní prvoci. PFO trichomonád se nachází v hydrogenosomech, organelách mitochondriálního typu. A právě PFO je jeden z klíčových enzymů v metabolismu hydrogenosomů Trichomonas vaginalis, sexuálně přenosného parazita člověka. PFO T. vaginalis je velmi důležitý enzym i co se lékařského významu týče. PFO je dle všeobecně přijímaného konceptu jeden z klíčových enzymů vystupující při aktivaci antimikrobiálních léčiv proti trichomoniáze 5-nitroimidazolů, mezi které patři i metronidazol. V genomu T. vaginalis bylo identifikováno celkem sedm PFO genů, které...
|
|
|
Protein translocation into hydrogenosomes of "Trichomonas vaginalis"
Radhakrishna Makki, Abhijith ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Hashimi, Hassan (oponent) ; JACKSON, Catherine Lynn (oponent)
(CZECH) Mitochondrie plní řadu významných funkcí v eukaryotických buňkách, jako je energetický metabolismus, syntéza železo-sirných center, apoptóza, bunečná signalizace, kontrola kvality proteinů atd. Většina mitochondriálních proteinů je syntetizována na cytosolických ribozomech a transportována do organel za pomocí cytosolických chaperonů a mitochondriálních membránových translokáz, které rozpoznávají specifické adresové sekvence. Přestože základní principy importu proteinů jsou známé, mnoho otázek zůstává nezodpovězeno, zejména u vysoce modifikovaných mitochondrií, jako jsou hydrogenosomy. Cílem této studie bylo prozkoumat translokaci proteinů do hydrogenosomů lidského parazita Trichomonas vaginalis (Tv), se zaměřením na složení, funkci a strukturu proteinových translokáz a roli adresových sekvencí. Translokáza vnější mitochondriální membrány (TOM) je zodpovědná za import většiny proteinů do mitochondrií. Ačkoliv přítomnost komplexu TOM v hydrogenosomech trichomonád byla predikována na základě analýzy genomu, jednotlivé složky komplexu nebyly známy. Navíc ani celková struktura mitochondriálního komplexu TOM nebyla zcela vyřešena. Tato studie ukázala, že komplex TvTOM je velmi divergentní, sestávající se ze dvou modifikovaných základních podjednotek - TvTom40, který tvoří translokační kanál a...
|
|
|
Analysis of lysosomes of Trichomonas vaginalis
Zimmann, Nadine ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Walochnik, Julia (oponent) ; Field, Mark (oponent)
(CZECH) Lysozomy představují centrální degradační kompartment eukaryotních buněk. Tyto organely s kyselým pH a řadou kyselých hydroláz jsou určeny k degradaci a recyklaci materiálu pro buněčnou homeostázu a výživu. Rozsáhlé studie savčích lysozomů odhalily dlouhý seznam lysozomálních proteinů. Jak lze očekávat, největší podskupinu tvoří hydrolázy, avšak funkce většiny z nich zůstává nejasná. O biogenezi a funkci lysozomů parazitických protistů je známo jen málo a ještě méně o jejich roli v sekreci. Cílem této studie bylo objasnit složení (fago-)lysozomálního proteomu lidského parazita Trichomonas vaginalis a jeho zapojení do sekrece hydroláz. Naše studie odhalili, že lysozomální proteom zahrnuje 462 proteinů ve 21 funkčních třídách. Hydrolázy představovaly největší funkční třídu a zahrnovaly proteázy, lipázy, fosfatázy a glykosidázy. Identifikace velkého souboru proteinů zapojených do vezikulárního transportu a přestavbě cytoskeletu ukazuje, že fagolysozomální kompartment je velmi dynamickou strukturou. Několik hydroláz jsme také identifikovali v sekretomu T. vaginalis, včetně cysteinové proteázy TvCP2, avšak způsob jejich sekrece byl nejasný. Studium lysosomů odhalilo, že k sekreci TvCP2 dochází spíše prostřednictvím lysozomů než klasickou sekreční cestou. Dále jsme ukázali, že cysteinová proteáza...
|
|
|
Protein translocation into hydrogenosomes of "Trichomonas vaginalis"
Radhakrishna Makki, Abhijith ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Hashimi, Hassan (oponent) ; JACKSON, Catherine Lynn (oponent)
(CZECH) Mitochondrie plní řadu významných funkcí v eukaryotických buňkách, jako je energetický metabolismus, syntéza železo-sirných center, apoptóza, bunečná signalizace, kontrola kvality proteinů atd. Většina mitochondriálních proteinů je syntetizována na cytosolických ribozomech a transportována do organel za pomocí cytosolických chaperonů a mitochondriálních membránových translokáz, které rozpoznávají specifické adresové sekvence. Přestože základní principy importu proteinů jsou známé, mnoho otázek zůstává nezodpovězeno, zejména u vysoce modifikovaných mitochondrií, jako jsou hydrogenosomy. Cílem této studie bylo prozkoumat translokaci proteinů do hydrogenosomů lidského parazita Trichomonas vaginalis (Tv), se zaměřením na složení, funkci a strukturu proteinových translokáz a roli adresových sekvencí. Translokáza vnější mitochondriální membrány (TOM) je zodpovědná za import většiny proteinů do mitochondrií. Ačkoliv přítomnost komplexu TOM v hydrogenosomech trichomonád byla predikována na základě analýzy genomu, jednotlivé složky komplexu nebyly známy. Navíc ani celková struktura mitochondriálního komplexu TOM nebyla zcela vyřešena. Tato studie ukázala, že komplex TvTOM je velmi divergentní, sestávající se ze dvou modifikovaných základních podjednotek - TvTom40, který tvoří translokační kanál a...
|
|
|
Proteomická analýza organel parazitických protist
Jedelský, Petr ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Kolářová, Libuše (oponent) ; Půta, František (oponent)
Rozvoj technologií pro sekvencování DNA přinesl technologický zlom, díky němuž bylo možné provést analýzu kompletních genomů, včetně parazitických protist Trichomonas vaginalis a Giardia intestinalis , které jsou tradičně studovány nejen z důvodu jejich klinického významu, ale rovněž z evolučního úhlu pohledu pro jejich adaptaci na anaerobní způsob metabolismu. Samotné dokončení sekvencování genomu a anotace predikovaných proteinových sekvencí nepřineslo detailní vhled do fungování organel odvozených od mitochondrie, jimiž jsou v případě G. intestinalis mitosomy, které se nepodílejí na energetickém metabolismu, a v případě T. vaginalis hydrogenosomy, které produkují molekulární vodík a produkují ATP substrátovou fosforylací. Tradiční metody výzkumu těchto organel založené na frakcionaci pomocí ultracentrifugace v hustotním gradientu a následné biochemické a enzymologické analýzy byly doplněny o metody jedno a dvoudimenzionální elektroforézy s následnou identifikací proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie. V této práci byly použity metody...
|
host ::
RSS.